听到明军进城的消息，城内的勋贵文官们一片慌乱，虽然早就知道守不住，但他们都抱着侥幸的心理，万一守住了呢，那小命不就保住了，结果这么快就让朝廷大军攻进来了。

一些如魏国公等人，还想冲出去，结果每个城门都有人守着，外面还有骑兵巡逻，他们刚出城门，就被打了回来。

城内不仅官员们慌，那些士绅地主们还有富商都很慌，毕竟他们也支持了造反，这下完蛋了。

有聪明人已经学着那些勋贵们开始安排家人跑路躲避了。

南京城里的百姓们则是紧闭门窗，生怕乱兵们冲进来作乱。毕竟军队的破坏力有多大谁都知道，更别说是这方面顶顶大名的明军了。

好在明军进城后李元就开始让人维持秩序，并让那些投降的卫所军到城外军营，这才没造成多大的破坏。

明军推进的速度很快，主要是没什么人抵抗，那些卫所军都投降了，少数那些家丁也被几轮排枪打崩了。

很快就攻破了内城，然后又拿下了皇宫，皇宫也没什么守卫，都跑了。

随后明军开始在锦衣卫的配合下到处抓人，勋贵、南京六部的文官、士绅地主、富商，南京里九成以上的有钱有势的都被抓了，就连原来的南京锦衣卫也被清理门户了。

抓的人太多，监狱完全关不下这些人，只能找了几个大院子临时关押。

至于福王，这是锦衣卫亲自抓的，被关在原南京宗人府，等着朱由校的处理。

第二天，南京城被破的消息就向四面八方传了出去，南直隶、浙江一带叛乱的人都慌了，着急忙慌的想跑路，可这时候朝廷军队从四面八方包围了过来，长江上有登莱水师巡逻，沿海地区也都是登莱水师的战船，根本没地方跑。

那些被集结起来的卫所军在听说南京破城的原因后，在锦衣卫的串联下，一些底层军官也开始带人反正，配合朝廷大军，没用一个月时间，就彻底平定了这次堪称搞笑的叛乱。

短短两个月不到，几十万大军的叛乱就被平定了，当消息传到京城后，朱由校当场就大骂废物。

虽然他知道原历史南明不怎么样，但也没想到现在这个时候的南直隶那帮人就已经这么废物了。

至于那些人该怎么处理，朱由校已经有了决定，但还是上了一次朝会。

“南直隶造反已经平定了，至于那些人该怎么处理，你们觉得怎么办？”

方从哲是首辅，第一个站了出来，“陛下，叛乱之人过多，不宜牵连过多，老臣觉得只诛首恶，从轻处罚其他人，以此显示陛下皇恩浩荡！”

“首辅真是老成谋国之言，那些士绅商人都是被裹挟的，应当从轻发落！”刘一燝立刻赞同方从哲的话。

朱由校嗤之以鼻，这不就是想保住那些士绅地主嘛，说的那么冠冕堂皇的，不知道的还真以为他们是为大明朝考虑呢。

“陛下，臣反对！谋反是十恶不赦的大罪，都应该从重处置，如此才能警示世人！”周文看到朱由校的眼色，立刻出来反驳。

“周文你放肆，你知道那是多少人吗？都从重处置天下如何看待陛下，陛下的身后名怎么办？”韩爌立刻站出来怒斥周文。

“怎么了，难道处理一些反贼，还能影响陛下的名声？陛下千古圣君，岂是区区一些反贼能影响的！”