4月中旬，葛佩琦再去华北局组织部。¨第+一′看,书_枉\ +冕\废?悦-读-这位刘同志说，根据调查到的材料，只能证明他入过党，做过地下工作，但因找不到你的单线联系人赵耀斌，组织关系还不能恢复。葛佩琦要求先安置工作，刘同志说：虽然他入党十多年，但由于长期做地下工作，对党的方针政策不很熟悉，工作起来有困难，遂介绍他去华北联合大学政治研究所学习一个时期，然后再分配工作，同时继续调查处理他的组织关系。
到了华北联大政治研究所，他才明白他已成了“党外人士”：因为四五百名学员几乎都是从北京各大学来的教授、副教授、讲师和一部分社会名流，清一色的党外人士。《社会发展史纲要》、《国家与革命》、《评艾奇逊的白皮书》、《别了，司徒雷登》等等，学了半年，和后来他和监狱中人们之集体所学，除了“老三篇”和《毛主席语录》之外，几乎完全一样。
毛泽东首登天安门以其洪亮的湖南腔宣布“中华人民共和国中央人民政府成立了”之后，华北大学改称中国人民大学。¨6￠1!墈`书*网- +芜,错_内^容?过去和葛佩琦一道做地下工作的同志，大多被分配到情报总署。一位领导也要他到那里去。可是他却书生气十足，自以为是地觉得革命战争已大获全胜，再也不需要那么多情报人员了。早被批判过的少年时代“科学救国”的理念，在新的“理论指导”下复又萌动起来：只讲科学不讲革命，固然不能救国；但只讲革命不讲科学，像我们这种贫穷落后的国家也难以富强。他遂把“科学救国”改为“救国不忘科学”。
所以作如是想，是因为他当年一心要“科学救国”，才投考了北京大学物理系，并在接连不断的学生运动中以优异成绩毕了业。在沈阳频频向地下组织报送重大机密情报的过程中，还忙中偷闲地到沈阳医学院（解放后改称沈阳医科大学）教物理。现在他自认为留在人民大学教物理，是实实在在的顺理成章。虽然只给他工业经济系讲师和理化教研室物理小组长头衔，他照样忙得不亦乐乎。
他一面教课，一面编写了《物理学讲义》、写了《〈实践论〉对于自然科学工作者的启示》的论文，编写出版了《电磁感应》和《自然常识问题解答》两本书。?白`马.书.院^ `已\发!布`嶵_欣`蟑-劫!鉴于美国率先造出原子弹、苏联首先建成原子能发电站，而我们的国家除了钱三强等老一辈物理学家在国外做过核分裂实验外，国内尚无这方面的专门实验室，致力于核物理学研究的人也不多，遂结合自己的煤炭部等单位作的“和平利用原子能”的报告，写了介绍核物理学常识的文章，并出版了《原子核常识问题解答》一书。他认为在没有枪炮声的静谧书斋中这样夜以继日地呕心沥血，与往昔之“深入虎穴”脑袋拴在裤腰带上一样，都是为自己的党和国家，为了人民的未来。
但是，这只是“剃头挑子”一头热，他还是一名“党外人士”。从1951年2月起，他几乎每个月都要挤出点时间去见党总支书记一次，要求调查恢复他的组织关系。得到的回答是“老三句”：你的问题时间长了，问题复杂，不好解决。他还直接给学校党委写过三次申诉信，并把华北局经过“函调”、确认他入过党做过地下工作的材料转给了学校党委，但他始终没有得到确切的回答，这不免使他很寒心。
寒心中也不免有点后悔：后悔全国解放之初，没有接受老同学罗竹风的劝留。他与罗竹风，从中学到大学都是同学，两个人的爱人也是中学到大学的同学。1949年6月2日，国民党在山东的最后一个据点青岛解放后，罗竹风是接管山东大学的军代表。当年暑假，葛佩琦夫妇到青岛与罗竹风重逢，罗竹风劝他留在山东大学物理系任教，葛佩琦夫人朱秀玲有点心动，认为都是老同学，容易相处。但葛佩琦为了急切找到组织关系，执意要回北平。结果，却寒心又寒心！如果留在山东大学，有担任军代表说了话算数的老同学鼎力相助，也许早就回到党的怀抱了！
但是，懊悔顶何用！？太晚了！！
葛佩琦的“铁案”是这样翻过来的苍天可鉴：他成了“党的敌人”
1957年春，“知无不言，言无不尽；言者无罪，闻者足戒”的整风运动热浪滔滔。中国人民大学党委接连两次给葛佩琦送来书面通知，要他参加“党外人士座谈会”。葛佩琦觉得他本是一个名副其实的共产党员，只是由于地下组织被破坏，单线领导人被捕而断了组织关系，党委对自己的一再申诉似乎无动于衷，凭什么要把自己列为“党外人士”？就凭自己入党近二十年来须臾未敢疏忘过的党格，也不能去参加这“党外”的座谈会。
第三次，又送来了通知，并有系总支的一位同志当面动员：校党委三次请你参加座谈会你都不去，这不太合适。这样，他才老大不情愿地跟了去。
那时候，中国人民大学校本部，还在北京城内铁狮子胡同原来段祺瑞执政府旧址、后改称张自忠路三号的大院内。到了会场，校党委书记把“言者无罪，闻者足戒；有则改之，无则加勉”的老套套又说了一遍，并说这是毛主席的教导，请大家打消顾虑，踊跃发言。在一些真正的党外人士发言之后，葛佩琦才站了起来。他就党内同志不要脱离群众，不要看不起党外知识分子，党员干部不能生活特殊化，努力克服主观主义、宗派主义、官僚主义，等等，给党委提了一些批评意见，并语重心长忧心忡忡地简略阐述了“水能载舟，亦能覆舟”的道理。