1605年，德川家康将将军之位传给儿子秀忠，自己退隐为大御所（即退休将军）。在骏府的城堡中，他致力于最后歼灭丰臣家族的工作。到了1614年，家康借口命令属下的大名联合兵力攻打大阪，这场战斗比关原之役造成更多的流血。大阪一方共有18万兵力，牺牲了9万人；而德川联军在1614年冬季的战斗中失去了35,000人的生命。在极度无奈之下，家康采取阴谋手段，在1615年的“夏季攻势”中降服了大阪，歼灭了抵抗者，丰臣家族的继承人最终被消灭。德川家康在全国取得了至高无上的地位，而他逝世于次年时，深信自己已经建立了一个稳固的政权。

历史学家将德川的这种政治制度称为幕藩体制，即以幕府和大约250个大名领地（藩）的平行存在为基础的制度。藩是大名的领地，尽管这个术语直到19世纪才由官方正式采用，但历史学家在追溯过去时使用了这个术语。

这一制度的演化产生了日本特有的政府形式。它代表着日本两个政治制度的成熟：幕府作为国家的权威和大名作为地方上的行政力量。连接这一制度的力量主要在上层，尤其是在调整将军和大名之间的关系方面。然而，在行政的下层，即将军或大名的直接管辖下，权力通过官僚手段得以越来越行使。家康及其继承人掌握的权力和国内的权威远远超过以前的军事霸主。尽管如此，这个政权在封建和官僚机制之间，分散权威和集中管理之间，保持了一种充满活力的紧张状态。

德川家族维持的权力平衡最容易从土地分配的模式中看出。在关原战役后重新分配土地以来，土地的均衡逐渐有利于将军。在1615年前后，将军通过非武力手段重新分配了1000万石，其中365万石是由于大阪的敌人被消灭而腾出的。在这段时间里，总共有24个大名家族被取消，而将军亲近的大名则按照一定比例增加。同时，将军自己的领地从200万石增加到600万石。这些土地不仅远远超过与之竞争的大名，而且包括了绝大多数重要的城市和资源，如大阪、京都、长崎、大津，以及佐渡、伊豆和足尾的矿山。因此，将军掌握了国家的主要经济中心和贵重金属的资源，进而起到控制国家货币的作用。

将军和大名之间的平衡在德川时代表现为许多政治和策略上的微妙差异。根据大名和将军家族之间的关系，家康制定了一份复杂的等级表。与德川家族关系最密切的是23个旁系家族，被称为亲藩，而亲藩中的三家更是直系后代，使用德川的姓氏。这三个家族分别在尾张、纪伊和水户拥有领地，若德川家族没有直系后代，它们有权为幕府提供继承人。亲藩的封地总计260万石。

其次，对于德川家族而言，谱代大名是最重要的。他们是从家康或其继承人手中获得大名身份的大名，大多数在关原战役之前是家康的部下。在18世纪，有145个谱代，他们的土地大多较小（如在彦根的井伊家族拥有25万石，算是最大的），但他们的忠诚被认为是无可置疑的。这些谱代大名总共拥有670万石的土地。

最后，外样大名是那些大名身份多半由信长或秀吉授予的家族。在18世纪时，有97个这样的家族，构成了大的大名的绝大部分。他们总共拥有980万石的土地。这些外洋家族早先可能是对手，也可能是关原战役中的同盟军，因此在待遇上比谱代更受到宽容和谨慎的对待。

为了防止敌对联合的形成或阻挡武力进攻江户和京都的路线，德川时代的首脑们费尽心机地部署了亲藩、谱代和外样大名。幕府的土地主要集中在关东和日本中部，关键城堡包括江户、大阪、二条城（在京都）和骏府（今静冈）。三家亲藩被布置在江户以东、以西和大阪以南。外洋大名主要分布在日本群岛的周围，而在这些地方，德川可能会派遣谱代以保持对局势的牵制。然而，19世纪时，幕府发现其对日本西部的控制较为松散，大阪以西缺乏直接的兵力，而在最西端的地区，像萨摩的岛津氏和长州的毛利氏仍然对幕府抱有敌意，这最终导致了反德川的领导再次出现。

拥有真正权力的德川幕府在政府和国民生活各领域建立了一套超越一切的制度。这套制度主要由家康及其两个继承人制定，直至1651年第三任将军家光去世，这个制度已经趋于完善。在这个时期，幕府已经坐拥于牢固的规章和先例之上，不仅在大名之上，也在宗教团体之上。

在16世纪的统一运动中，人们将注意力重新集中到天皇身上，将其视为政治的最高权威。信长和秀吉都致力于提高群众对天皇的尊敬。德川的政策则着眼于两个方面：一方面提高天皇的声望，另一方面将天皇与大名隔离开来。因此，德川对天皇和其朝廷表面上极为尊敬，同时期望大名也采取相同的态度。他们支持皇室修缮宫殿，分配土地以供养皇室和其他公家家族，总计187万石。然而，实际上，天皇和其朝廷处于严密的控制之下，无法自由参与国家大事。在京都附近的二条城设有幕府的军事长官，统领强大的警卫部队。这个长官通过朝廷官吏将幕府的指令传达给朝廷，从而审查所有送呈天皇的事物，并控制天皇的召见或荣誉颁发。朝廷和大名的接触也受到限制。在1619年，德川家族通过一系列手段将其一位孙女嫁给皇室，以利用古典的影响巩固对皇家的影响力，不过后来的将军对这种通婚办法并不太积极。

对大名的控制从封地开始，理论上，大名应按照将军的好恶行事。然而，大名的封地原本应该是世袭的，但在统治初期，充公或移交给他人的情况屡见不鲜。只有极少数最强大的亲藩和外洋大名在整个德川时代中保持了世袭的土地。每个大名都以个人身份向将军发誓，表示听从将军的命令，不与他人联合反对将军，并全心全意为将军效忠。将军则回报封地，并明确规定其地界。虽然大名的职责并未明文规定，但通常理解为（一）提供军事服务（谱代则需要提供行政服务），（二）有责任应召提供特殊服务，（三）管理领地以确保和平有效。除了个人誓言外，大名还必须遵守一系列名为“武家诸法度”的规章，这是在16巧年由家康首次提出的。到1635年修改后，它包括21条条款，目的是限制大名的私人行动、婚姻和衣着，不允许他们形成小集团或增加军事设施。此外，规章还规定了具体细则，要求大名到江户觐见并送人质，不得私自建造远洋船只，明文反对基督教。这些规章的最后一条规定将军的命令为这块土地上的最高国法。