在所有统治手段中，参觐交代的影响被认为是最为深远的。在战国时代，参觐上司并送去人质的做法相当普遍，甚至丰臣秀吉也采用了这个方法。关原战役之后，大名们进一步发展了向江户送人质的办法，最初是自愿的，但在1633年以后成为幕府的规定。按规定，所有大名都必须在江户建造住宅（屋敷），除了妻子和儿女，还需带有扈从。其中，一名负责和将军联系的官员负责联络。大名们在江户和自己的领地之间进行频繁往返，谱代大名在关东地区每六个月一次，而离江户较远的大名则每隔一年进行一次往返。这一制度非常有效，不仅是监视大名的好方法，也将原本容易导致国家分散的大名制度紧密地连接在一起。

作为上级的特权，将军对大名提出了许多要求，并将他们置于各种形式的监视之下。虽然将军不直接向大名征税，但经常向他们强征捐款。在军事和后勤方面，大名们负有责任，在紧急情况下，例如1614年的大阪之战，将军可以随意命令大名为其出战。在经济援助方面，特别是修建堡垒、道路、桥梁和皇宫方面，将军也要求大名提供支持。这种征收的方式被称为国役，将军常常使用这一手段来削弱经济上较为富裕的外洋大名。同时，这也使得将军能够建造巨大的防御工事，例如江户、骏府、大阪、名古屋和二条的将军城堡，使其在与其他大名城堡的竞争中占据优势。

最后，德川家族利用宗教情感不断提高人们对其成员的崇敬。德川对佛教和神道的支持是显而易见的，其目的主要是将大教派的方向引导到支持德川家族上。特别值得注意的是，以日光神社为中心的德川崇拜的发展。德川家康一死，他的精神被神化为东照大权现。从1637年到1645年，第三代将军将家康的精神“奉安”在日光山上的陵墓东照宫。此后，每一任将军都要亲自率领大名和随从，进行一次正式的朝圣。逐渐地，大名们也在各自的领地修建了东照寺的复制品，并一年一度地举行仪式，向家康表示敬意。

然而，尽管在利用宗教信仰和仪式增强统治的同时，幕府对宗教机构的土地和事务实行了严格的控制。宗教机构的武力在早期已经被织田信长摧毁，而丰臣秀吉也削减了它们的经济。随着全国范围内的土地丈量，寺庙和神社的独立财产都划归武装霸主的范围之内，并受到“朱印”制度的控制。在这个过程中，宗教机构的财产大大减少。在德川时代，宗教机构的土地总计不超过60万石。考虑到这些土地需要供养的寺庙数量，这是一个相对较小的数字。德川进一步延续了这一做法，限制宗教机构的财产。

将军进一步将宗教机构纳入严密的行政管理之下。16世纪颁发的规章为直接干预宗教界提供了基础，限制了皇家和僧侣的关系，使家庙和地方庙宇完全集中起来，并对僧侣的活动加以许多硬性限制。到1635年，有关宗教设施的所有事宜都纳入寺社奉行，即寺庙和神社主管的统治之下。

作为一个国家的政府形式，幕藩制度为日本提供了一个生机勃勃、全面的行政管理制度。到了德川时代，在相当自治的农村和市镇以上，军人阶层掌握了所有较高的权力，行政管理完全在武士阶级手中。将军作为军事阶级的总司令，现在拥有政府的所有权力。因此，德川统治呈现出一种独特的情况——文职政府由职业军人掌握，而武士是职业军人，他们有义务随时提起腰刀响应号召。在和平时期，他们执行额外的文官或武官的任务。将军的角色的转变可以清楚地看出，他是全国的最高司令员。大名也是如此，他们有责任在将军的命令下带领部队冲锋陷阵。因此，德川政府实际上扩展到和平时期的军事统治。

德川将军从历史渊源上看是最大的大名，而大名的领地是将军行政组织的雏形。因此，研究德川行政最好从探索这些领地的性质开始。幕藩制度的藩是直接由16世纪武人领地演变而来，在德川统治下，它们逐渐失去了原有的军事作用，演变成地方行政单位。实际上，在16世纪以后，每个大名只被允许有一个军事设施，如堡垒或警卫司令部，而他们所能调动的武装部队的人数也受到了严格限制。大名之间在封地大小和行政手续的特点上存在很大的差异。只有一个领地，例如前田家族所管辖的加贺国，估计有1万石以上。只有22个“大的大名”拥有20万石以上。超过半数的大名拥有土地不到5万石。如果我们粗略地考察一下领地的石数和人口的比例，可以说德川时代的日本人民处于大小相距甚远、往往是非常小的管辖区域之下。实际上，当时存在的行政单位的数目很难估计。大名的数目有所变动，17世纪早期有295个，中期减为245个，到统治末期增至276个。此外，还有将近5,000个旗本的小封地和几千个庙宇与神社的管辖范围，以及更低一级的行政机构在将军天领和大名领地上。也就是说，许多领地包括着不止一块互不相关的土地，使日本的行政地图变得非常复杂。然而，由于对一致性的强烈要求，地方上的小行政单位取得了相当多的共同之处。特别是大名和他们的侍从在从一个领地到另一个领地时，行政上呈现出了一致性和公平性。与此同时，武士阶级和更低阶层的直接联系逐渐破裂，大名的侍从逐渐演变为在相当一致的法律理论下工作的职业行政人员。

大名在自己的领地内行使完全的统治权力，依据幕府的规定，这些权力在藩籍（土地和人口登记）中有明确规定。大名通过他的家臣团来管理领土，这个家臣团早在城堡司令部就已经形成。他们按照级别、封地的大小和薪金的多少组织起来，而这些家臣必须向大名发誓效忠，方能被列入大名的侍账（即花名册）。

最高一级的侍臣通常被称为家老，常常是一个独立的、受封的臣属，集体形成了大名的顾问团。作为个人，他们也常常充当大名的代表，或者主持领地上的法庭。在战争时期，家老就是战场上的将领。家老下一级的侍臣是人数更多的一组高级侍臣，他们是大名政府或军队里主要部门的领导。他们统率常备军队或者藩卫兵，也监督民政工作，如经济、安全和与幕府的联络。中级的侍臣则在更为具体的行政岗位上工作，担当多种民政的工作，如城堡的管理、农村的管理、征税、民警及大名家里的事务、军需物品、土木工程、教育和宗教。更低一层的是大名的仆从，如足轻、小姓和仆人，他们在大名的机关内从事更卑贱的日常工作。

领地上的普通“民”被视为大名的被保护者，而大名有责任对他们实行仁慈的统治。大名向寺庙、神社派遣看守，负责监视佛教和神道机构。乡村管理机构通过代管网络管理村。城堡的地方官对城市的若干町行使权力。在大名管理的这个层次之下，农民和城市居民则在各自的自治单位中生活（以村或町为单位），每个单位都有自己的头人。这表明藩是一个非常紧密而全面的地方管理单位。

德川家康设计的管理方法演变成为幕府行政机关，而在家康担任大名时，他并不信任250个或更多的大名来管理行政事务，只信任他的亲信大名或他的直接侍臣。也就是说，他只信赖他自己还是大名时的直接臣下。因此，“外样”只能停留在他的行政机构之外，甚至于德川的旁系家族也只能充当顾问。

作为幕府司令部的江户是日本最大、最坚固的城堡。在宽广的城垛和护城河的围绕中，聚集在那里的大名都修建了自己的府第，将军的高级侍从也都赐予了住宅。这个城市由武士的住宅和官僚的府邸构成，也是日本最大的城市之一。因此，在18世纪末，这座城市仅仅在商业区就有50万以上的人口。

江户不仅是幕府政治的中心，也是全国公路和水路的枢纽，与远方的大名城堡取得联系。五条主要公路从江户辐射出来，连接着日本中部和西部。这些公路曾经为天皇朝廷服务，现在成为官方交通系统的基础，大名们在这些路上来往进行参觐。

江户幕府的行政机构包括决策、民政和军政三个方面。决策方面的大权掌握在一群年老的谱代大名手中，分为两个部门：老中组成高级行政会，一般由四到六人组成。他们是从谱代家族中选出来的，拥有25,000石以上的土地。老中负责管理国家级大事，包括天皇和大名的事务、外交、税收、货币、土地和荣誉的分配，以及对宗教机关的限制。另一个部门是若年寄，由四到六个相对较年轻的谱代组成，负责管理将军的御家人和旗本的卫队、将军的私人仆役、小侍从、医生以及作为检查官和纪律检查员的目付。

大部分行政职位都在老中的管理之下。侧众往往由一个侧用人领导，作为行政部门，安排觐见并传达信息。留守居（江户城堡的看守者）在城堡内执行军事纪律，特别是当将军不在的时候。礼宾司官员（高家和奏者番）负责将军与京都朝廷之间和与大名之间的礼仪及会见。大目付负责纠察大名的纪律。很多监督人（奉行）安置在具体的行政部门里。寺庙和神社的行政官寺社奉行（常常有四名）在幕府中地位很高，除了监督全国的宗教事务以外，还是关西各国的司法官。财政行政官勘定奉行（常常是四名）处理将军的财政，并监视替将军管理私人领地的四五十个代官。江户城有两个町奉行，每人负责江户的一半。这样的町奉行，在所有幕府的直辖城市（包括京都、大阪、长崎、奈良和骏府）也都存在。长崎的奉行还另有监督对外贸易的任务，这贸易是在幕府垄断之下与荷兰及中国进行的。还有许多别的官员监督着如建设、建筑和工地、军需供给、道路等事务。庙宇和神社的长官、财政长官和江户城的长官，形成了评定所（即高等法院），在开庭的时候，老中和目付也来参加。在江户以外，除了城市长官，主要的幕府职位就是京都所司代和大阪城代。这两个职位直接属于将军，其品级几乎和老中相等。

在狭义上说，设在江户的幕府司令部只是将军的家族政府，其行政权力仅及于他自己的领地（天领）。然而，由于这个领地的面积（大致为日本国的四分之一）和资源（包括国内的主要城市），日本人口的大部分都在将军个人的统辖之下。在法律规定的和实际上增加给德川家族的权力下，将军制定外交政策，并对军事和国防负主要责任，在许多方面就是国家元首。此外，大名的统治是在他们自己的领地内实行地方自治，但他们是受幕府控制体系的限制的。幕府提出的政策纲领，藩一般都接受，结果地方政府的法律和机构，也以德川的先例为依归。因此，幕藩制带来了一个大家都承认并执行共同法律的宽广基础。